DNA 甲基化是影響基因表現與否的重要調控機制, 主要是指在DNA 分子的胞嘧啶環(cytosine ring)的 5' 碳結構上,形成5-methylcytosine 的甲基化修飾。 我們是如何利用MassARRAY來進行DNA甲基化分析呢?
以下文章為您做更深入的分析原理介紹! EpiTYPER DNA 甲基化分析原理 包含四個反應步驟:Bisulfite conversion、PCR、MassCLEAVE (T7-IVT and Base-specific RNA cleavage)及Mass detection。


MassARRAY DNA甲基化分析原理及流程
  • 亞硫酸鹽處理(Bisulfite conversion )後,基因序列上,沒有甲基修飾的胞嘧啶(C)轉變為尿嘧啶(U),而已受甲基化的5-甲基胞嘧啶則不受影響維持 C 之型態。
  • 經 PCR 反應增幅時,所使用的 reverse primer 因帶有 T7 RNA polymerase promoter 序列,此時 T7 RNA polymerase 可利用此序列進行 in vitro transcription 合成出單股RNA,並同時將序列中的 CTP 置換成為 dCTP。
  • 該RNA 產物再由 RNase A 進行 Base-specific cleavage。RNase A 能截切 RNA 序列中的 C 與 U 的位置,由於 CTP 已事先置換成 dCTP,因此RNase A 將只會專一性的截切 U 之位置。
  • 整個序列通常會被截切成數十個片段,片段中如果帶有 CpG site,會因為甲基化狀態出現出兩種序列 ( GC 或 AC ),此兩種序列分別表示甲基化或者是未甲基化的DNA。在質譜分析可以觀察到兩種序列為分子量大小相差 16Da 的訊號,根據訊號波峰面積比率即可推算出該 CpG site 甲基化比例。

MassARRAY 分析流程簡圖

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特色與優點:

  • 質譜偵測技術提供精準的甲基化定量結果
  • 分析數據CV< 5%,定量線性範圍5%~95%
  • 單一反應最長分析達600bp之區域
  • 不需定序、可快速分析
  • 優異的花費效益與樣本容載率

看完上述介紹,是否對MassARRAY的甲基化分析技術有更清楚的瞭解了呢? 如有任何甲基化分析需求或相關問題,
歡迎來電洽詢: (02) 2351-9800
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作者:林宇馨 / 豐技生技產品專員

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