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SABER is a MassARRAY-based Method for Detecting Rare Mutations.

2019年6月初我們曾在網誌中介紹“Agena MassARRAY基因型鑑定系統”是如何利用質譜儀技術，進行多叢PCR實驗來分析SNP型別，文中提到 MassARRAY 有一個”SABER”的實驗方法，可以檢測超微量突變分析。 到底SABER是什麼呢? 有任何相關研究及應用嗎? SABER 的全名是”single allele base extension reaction”，顧名思義，就是單一鹼基延伸反應。MassARRAY SABER 分析靈敏度可以檢測至1% 的DNA突變。

SABER 如何偵測到1% 的微量突變?

• SABER 實驗總共有4個步驟:

1. 針對想分析的突變位置前後共100~200 bp的區間進行PCR擴增反應
2. PCR後，利用蝦鹼磷酸酶 (shrimp alkaline phosphatase, SAP) 去除核苷酸的磷酸根
3. 進行第二輪擴增反應，本次反應為單一鹼基延伸反應，且不加入野生型(wild-type)雙脫氧核苷酸 (dideoxy nucleotide terminators)，因此最終只會延伸突變的鹼基訊號，藉此提高低頻突變的檢出率
4. 將上一步驟的延伸產物以MALDI-TOF 質譜儀技術，偵測突變的分子量訊號，即可得到報告結果

SABER MassARRAY 檢測方法操作十分簡單、且可用於偵測糞便樣本DNA、plasma DNA 或 血液循環DNA (Circulating DNA)等多種類型樣本。 目前已有許多文獻利用SABER技術進行低頻突變的研究，若想了解更多文獻資訊，歡迎閱讀下方的參考資料。

· Reads more reference for the SABER associated study:

1. “A Simple and Highly Specific MassARRAY-Based Stool DNA Assay to Prioritize Follow-up Decisions in Fecal Immunochemical Test-Positive Individuals”
Cancers (Basel). 2019 Mar; 11(3): 423. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468462/

2. “Detection of epidermal growth factor receptor T790M mutation in plasma DNA from patients refractory to epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitor”
JCA. 2013 May; 104(9) : 1198-1204. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/cas.12211

3.“Comparative Analysis of Two Methods for the Detection of EGFRMutations in Plasma Circulating Tumor DNA from Lung Adenocarcinoma Patients”
Cancers (Basel). 2019 Jun; 11(6): 803. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6627967/  

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作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員