先前我們分享過不同的甲基化分析方式如果應用不當,都有可能導致實驗卡關,而讓研究無法繼續進行的案例。(歡迎複習一下: ” 怎麼做都無法得到甲基化PCR產物嗎? 換個方法試試吧!”  如果想知道更多甲基化分析的實驗方法,則歡迎閱讀 如何進軍表觀遺傳學研究? 甲基化實驗方法總整理!這篇文章)

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而除了甲基化分析方法可能會影響實驗結果以外,DNA品質、樣本來源也扮演非常重要的角色。

 

我們曾接過一個研究案,客戶希望直接依照文獻的primer 進行分析服務。然而,分析結果卻發現:客戶提供的DNA樣本無法得到PCR產物,但control樣本以及其他品質較好的DNA樣本卻都可以得到PCR產物。

因此在初步向客戶報告時,我們下了結論:

客戶的DNA樣本品質不佳,導致無法依照文獻的方法完成甲基化分析實驗。

 

不過,如果實驗因為這樣就此停擺、甚至放棄,這就會是個令雙方都感到非常遺憾的結果。

所以當客戶希望我們提供建議,甚至希望能追加測試預算、以便讓實驗有繼續進展的可能性時,我們當時也盡可能的根據這個狀況提供了一些解決方案。

最直接的方式,就是提升DNA萃取的品質
 

(關於萃取方法以及保存DNA時需要留意的事項,在核酸品質-決定基因檢測的可信度及資料豐度!這篇文章有一些小提醒,在此不多做贅述。而萃取完後該如何判斷DNA品質? 則歡迎閱讀如何評估DNA樣本的品質?-核酸定量檢測,這篇文章中會有更深入的介紹。)

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如果真的無法改善DNA萃取品質,該如何挽救甲基化分析實驗呢?

 

首先必須要強調一個重要的觀念,就是DNA萃取和保存的狀況,對於bisulfite PCR的成功率會有非常關鍵性的影響。但如果因為樣本來源、保存時間...等無法控制的因素,實在無法提高DNA樣本的總量以及序列完整性,就建議必須犧牲甲基化分析片段的長度。

 

因為DNA本身的總量不夠多,序列碎裂化很嚴重時,如果再經過bisulfite這個強烈的化學反應,會讓DNA更加碎裂化。如果已經不太好的樣本,再經過這樣摧殘,在PCR步驟會非常難擴增出我們要的產物。

 

因此在這個案例中,我們不得不修改文獻中primer的長度,以及縮減primertarget的序列區域。還好在經過primer重新設計修正後,果然成功的得到不錯的分析結果,讓客戶得以推展後續的研究分析。

 

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看完上述的介紹,是否對於甲基化的分析更有概念了呢?

 

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作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員

 

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