今天來跟大家介紹癌症精準醫療的最新檢測趨勢,在之前的 "NGS數據提供臨床癌轉移患者更有效的治療決策! " 文章中提到,目前歐洲腫瘤學學會(ESMO)建議, 轉移性癌症患者建議使用次世代定序(NGS)技術,以便協助癌症療程的決策與判斷。 目前有越來越多的標靶藥物針對特定的基因突變進行設計,而且目前基因融合突變不定型腫瘤標靶藥物治療 (Tumor- Agnostic Treatment for Cancer) 中,非常重要的基因檢測標的,因此該如何利用精準的基因融合突變檢測技術來搭配臨床治療,是目前精準醫療中非常重要的課題。

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什麼是基因融合突變?

基因融合 (gene fusion) 的定義是:兩個不相關的基因,因為發生異常狀況而導致全部或部分序列接合在一起,相互融合成一個新的基因產物。這些異常狀況包含染色體異位 (translocation)、中間缺失(deletion)或染色體反轉(inversion),這些狀況都可能導致基因融合突變的產生。目前研究已發現的基因融合基因種類約有20000個,其中ALK、ROS1、NTRK等常見的基因融合已經作為某些癌症及標靶藥物用藥的診斷工具,並且可以預測特定癌症患者對藥物的反應及預後。

 

標靶藥物的新趨勢-不定型腫瘤標靶藥物治療

不定型腫瘤標靶藥物治療 (Tumor- Agnostic Treatment for Cancer) 是一種針對特定分子基因標的而開發的標靶藥物,只要患者帶有特定的基因突變,無論是哪種類型的癌症,都可以進行不定型腫瘤標靶治療。

Pembrolizumab是FDA批准的第一個不定型腫瘤標靶藥物,只要是具有microsatellite instability-high (MSI-H) 或是 DNA mismatch repair deficiency (dMMR)、high tumor mutational burden (TMB-H)的實體腫瘤,不論是成人還是小孩,都能評估使用Pembrolizumab進行治療。

其他FDA批准的不定型腫瘤標靶藥物還包含larotrectinib 以及 entrectinib (Rozlytrek),可以針對NTRK 基因融合的實體腫瘤進行治療。

 

該如何偵測基因融合突變?

傳統基因融合檢測技術,如: FISH、IHC 和 RT-PCR 都只能檢測少量且單一的基因標的。為了節省時間及得來不易的珍貴樣本,已經有越來越多實驗室選擇NGS定序的方法來進行基因融合檢測。

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*J Mol Diagn. 2019 Sep ; 21(5): 873-883.

而且,在真實的臨床數據研究發現,基因融合突變的組成十分複雜、種類繁多,在臨床不定型腫瘤的真實數據中,Novel Fusion (未知、未發表過的新型基因融合變異) 的占比非常驚人! 在兒科的276例多型別腫瘤樣本分析中,帶有基因融合突變的51個案例裡,約有31%均為Novel Fusion*!

因此,理想的NGS基因融合檢測技術,必須能一次檢測多種基因標的、操作簡單、並且能夠敏感的偵測所有已知及未知的fusions。

然而實際上,並非所有NGS技術都能達到上述效果。

 

您選用的NGS技術,能給予最真實的fusion檢測數據嗎?

「怎麼一直找不到novel fusion?」
「總覺得detection coverage太少? 」

「怎麼老是篩不到病人?」

有些技術雖然標榜可以檢測novel fusion,但若detection coverage不夠廣、或使用像是exon-tiling imbalance這種間接的偵測方式,都可能導致漏篩、或得到不可靠的fusion檢測數據*1

*1: ESMO recommendations on the standard methods to detect RET fusions and mutations in daily practice and clinical research, Ann Oncol. 2021 Mar;32(3):337-350.

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FusionPlex AMP技術已和多家藥廠及MSK(Memorial Sloan Kettering Cancer Center) 這類大型臨床病理研究室合作,協助他們檢測更真實、覆蓋率更廣的 fusions案例,找出更多適用於臨床標靶治療的患者。

 

FusionPlex 提供您最理想的NGS複雜基因突變檢測技術

在文章的一開始我們提到,理想的NGS基因融合檢測技術,必須能一次檢測多種基因標的、操作簡單、並且能夠敏感的偵測所有已知及未知的fusions。

Invitae 的 FusionPlex 產品兼具multiplex、操作簡單、以及可以偵測Novel fusions等多種優勢,幫助您解決其他檢測方法的侷限性。這個RNA-based的 NGS建庫產品,利用獨家專利的Anchored Multiplex PCR (AMP™) 技術,可以精確的偵測所有已知及未知的基因融合突變。而且能夠為您進行客製化panel設計,是兼具臨床檢測精準度與研究彈性的癌症基因檢測產品。

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FusionPlex: 市面上基因數最多、覆蓋率最廣的Gene Fusions Panel

  • NTRK1-3、ALK、RET、ROS1基因上增加Exon覆蓋度、增加新興治療標的ERBB2、PIK3CA。
  • 增強分析Oncogenic isoform型態如MET ex14 skipping, EGFRvIII, PDGFRA ex8,9 skipping, FGFR1 and Kinase Domain duplication。
  • 完整覆蓋kinase domain,可分析NTRK1-3、ALK、RET、ROS1、EGFR Kinase domain drug resistance mutation。
  • Pan Solid Tumor v2 涵蓋所有ESMO、NCCN指引建議fusion檢測基因,共收錄137個基因清單,是現行最大的fusion panel

 

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作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員

 

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