●Agena● 簡單4步驟帶您瞭解DNA甲基化分析－豐技生技's Blog

DNA 甲基化是影響基因表現與否的重要調控機制，主要是指在DNA 分子的胞嘧啶環(cytosine ring)的 5' 碳結構上，形成5-methylcytosine 的甲基化修飾。我們是如何利用MassARRAY來進行DNA甲基化分析呢?
以下文章為您做更深入的分析原理介紹! EpiTYPER DNA 甲基化分析原理包含四個反應步驟：Bisulfite conversion、PCR、MassCLEAVE (T7-IVT and Base-specific RNA cleavage)及Mass detection。

亞硫酸鹽處理(Bisulfite conversion )後，基因序列上，沒有甲基修飾的胞嘧啶（C）轉變為尿嘧啶（U），而已受甲基化的5-甲基胞嘧啶則不受影響維持 C 之型態。
經 PCR 反應增幅時，所使用的 reverse primer 因帶有 T7 RNA polymerase promoter 序列，此時 T7 RNA polymerase 可利用此序列進行 in vitro transcription 合成出單股RNA，並同時將序列中的 CTP 置換成為 dCTP。
該RNA 產物再由 RNase A 進行 Base-specific cleavage。RNase A 能截切 RNA 序列中的 C 與 U 的位置，由於 CTP 已事先置換成 dCTP，因此RNase A 將只會專一性的截切 U 之位置。
整個序列通常會被截切成數十個片段，片段中如果帶有 CpG site，會因為甲基化狀態出現出兩種序列 ( GC 或 AC )，此兩種序列分別表示甲基化或者是未甲基化的DNA。在質譜分析可以觀察到兩種序列為分子量大小相差 16Da 的訊號，根據訊號波峰面積比率即可推算出該 CpG site 甲基化比例。