●小知識分享● 菌種鑑定系統百百種，該如何做選擇呢?－豐技生技's Blog

菌種鑑定的系統選擇很多，主要概分為兩種鑑定型態: Phenotype鑑定(表徵型鑑定)及分子鑑定(基因型鑑定/蛋白質鑑定) ，該如何依照需求、成本來選擇適當的檢測技術呢? 在此做個簡單的介紹，讓各位有初步的規劃藍圖~

表徵型鑑定方法：
主要可依據菌株的型態學、生理特性、生化特性、抑制因素、血清學、化學分類跟生態學進行菌種鑑定。

◆美國Biolog菌種鑑定公司

利用不同菌株有不同生化反應現象，將不同碳源、氮源、pH值等化學條件，預先配置於96孔微盤上，待測菌株會因為對不同物質的利用能力不同，而得到特定的呈色結果，將此指紋圖和數據庫進行比對，即可鑑定出菌種。

◆美國MIDI公司

利用不同菌株有其獨特的脂肪酸組成，搭配Agilent的氣相層析儀(GC)系統，得到特定的脂肪酸鑑定指紋圖，進行菌種鑑定。

分子鑑定方法：

◆MALDI-TOF蛋白質鑑定

近年來可利用MALDI-TOF儀器，分析菌株的蛋白質組成比例，進行菌種鑑定。此實驗可縮短實驗時間，但在儀器的保養費用上較為昂貴。

◆基因型鑑定方法，主要可分為兩大類型:
1. RFLP法: 全名為 restriction fragment length polymorphism ，利用限制酶進行全基因的切割，並依照切割片段跑膠結果進行菌種鑑定
2. 菌種基因定序。

美國Hygeina 公司推出的菌種鑑定系統—RiboPrinter 使用 RFLP 法分析細菌基因體 rRNA 區域，依據各種細菌不同的基因序列，可由限制酶切割出不同片段大小，如同指紋般的結果，可以作為菌種鑑定的強力工具。相較傳統 16s rRNA 分析法， RiboPrinter 包含了整個 rRNA 中 5s、23s、16S 三個區域，提供更多且更專一性的分析資訊。

由於核酸不易發生變異，較為穩定，使用Genotype鑑定方法理論上較為可靠。可應用的基因型鑑定方法有: DNA–DNA hybridization, PCR, 16S and 23S rRNA 定序, 多基因座序列分型(MLST), 分析 ribotyping…等等。

16S rRNA定序的前500個鹼基序列，對於鑑定到”種(species)的等級”是很有用的數據，但對於更相似的種(species)或株(strains)鑑定上，使用限制酶的分析方式較適合，可有效地展示菌株間(strain-strain)的不同。

菌種鑑定的數據庫

數據庫大小會影響菌種鑑定的準確度，選擇一個較大的數據庫，可提供更全面性的鑑定結果判讀。

Biolog菌種鑑定系統可提供超過2900株菌的鑑定數據庫，其中包含好氧菌、厭氧菌、酵母菌及絲狀真菌；MIDI的數據庫大小可鑑定約2500種細菌及250種真菌；Hygeina的RiboPrinter可提供約 1700株菌種鑑定數據。

若想瞭解更多Biolog的表型鑑定方法，歡迎搭配閱讀"Biolog MicroPlate -輕鬆了解微生物代謝功能 " 這篇部落格文章，會有更深入的介紹。

看完上述菌種鑑定系統介紹，各位是否對現行的技術有更進一步的了解了呢?
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