做完16S metagenomics 分析後就卡關,不知道該如何進行微生物菌群的功能性分析嗎? 到底該如何設計實驗,來了解各種菌相的功能,並取得代謝相關數據呢?

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Photo by Drew Hays on Unsplash

 

別擔心! Biolog MicroPlates系列產品可以帶您以最直覺的方式了解微生物菌群的功能。

 

簡單的呈色反應就能了解微生物代謝狀況

MicroPlates在96孔盤中加入了專利的氧化還原四唑染劑(Redox tetrazolium dye),並在不同的well中加入醣類、羧酸、氨基酸和肽等不同的碳水化合物。這種染劑會因為細胞進行呼吸作用而改變顏色,進而提供了各式各樣新陳代謝的指標數據。

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這些新陳代謝的顏色指標到底可以提供哪些資訊呢?

 

一、了解未知菌相的代謝特性

Biolog的先進表型分析技術提供了有關菌株特性的寶貴資訊。NGS 16S metagenomics以及MALDI-TOF分子菌種鑑定方法只能協助鑑定菌株,而無法提供有關菌株的代謝特徵等功能性資訊。Biolog的碳源利用技術以簡單的96孔盤呈色反應,產生菌株的“代謝指紋”,可以藉此了解不同組別之間,菌相代謝反應的差異,進而提供未知菌群參與的訊息傳遞路徑,為更多功能性分析試驗點一盞明燈。

最近有一篇發表在Cell科學期刊的文章,篇名是: Translocation of Viable Gut Microbiota to Mesenteric Adipose Drives Formation of Creeping Fat in Humans就是利用NGS進行微生物基因序列分析後,進一步以Biolog MicroPlates技術了解微生物代謝偏好,最後建構出完整的微生物影響signal pathway的生物模型。我們在後續也會針對這篇文獻做簡單的介紹,如果想要搶先索取這篇文獻研究資料,歡迎在此填寫表單,我們會以email的方式提供這篇經典的Cell 期刊文章。

 

二、利用菌種的新陳代謝資訊進行微生物鑑定

搭配MicroStation™ ID多功能系統 以及Biolog資料庫,就可以快速、準確地識別出2900多種好氧菌和厭氧菌、酵母以及真菌。Microplates鑑定系列產品包含GEN III-好氧菌鑑定盤、AN-厭氧菌鑑定盤、YT-酵母菌鑑定盤、FF-絲狀真菌鑑定盤,可以針對不同的菌群進行初步鑑定。

 

實驗操作只需準備細胞懸浮液,並將其加至適當的MicroPlate鑑定盤產品,同時將MicroPlate放入MicroStation Reader中讀取呈色變化,使用雙波長讀值來量化MicroPlate孔中的顏色反應,增加判讀一致性和準確性。藉由精確記錄不同樣本產生的獨特代謝模式,再利用Biolog資料庫中的數百種圖譜進行比對鑑定,就可以用最簡單、低廉的分析實驗,得到鑑定或QC數據。

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三、Omnilog自動化系統讓研究員不必再爆肝收時間點數據

OmniLog Plus系統是將OmniLog和MicroStation結合,提供了一個簡單的全自動化流程,一次可以自動化鑑定50盤Biolog MicroPlates™,並可以細部設定每盤MicroPlate的實驗步驟,包括樣品讀取時間、放置和取出樣本設定以及溫控培養時間。 可以滿足各種微生物學應用以及動態紀錄的需求。

儀器設計完全符合FDA的21 CFR Part 11食品藥物管理規範。可以保存結果,自行創建定義資料庫,或追蹤特定生物代謝指標,以滿足21CFR part 11電子記錄要求和法規。軟體也增強了安全功能,自動將用戶事件、用戶操作、軟體事件、軟體操作和儀器事件加以記錄,並防止數據修改和刪除。

 

 

“Biolog Microstation系統已經在我們專業的微生物實驗室課程中使用多年,我們利用它來鑑別未知菌。快速的實驗TAT以及大量的數據產出,使MicroStation成為最受學生歡迎的儀器之一!”
- Andrea Mcginley, 伊利諾大學芝加哥分校 臨床助理教授

 

產品特色

  • 一分鐘即可簡單設置實驗步驟
  • 不需要革蘭氏染色和其他前置測試
  • 具有手動、半自動及自動化解決方案,可滿足各種檢體通量

 

微生物代謝的功能性分析可以如何應用呢?

MicroPlates數據庫可以滿足環境監測領域的檢測需求,檢測水質或進行廢液排放的微生物測試,且也可以應用在農業和獸醫以及其他非臨床需求的試驗。

這套多樣化的檢測系統可以輔助NGS或MALDI-TOF分子鑑定方法無法識別、或是需要驗證的微生物樣本,直觀的提供菌項的代謝特徵,可以廣泛適用土壤、水、生物膜和其他環境中的微生物群落分析。

 

看完上述介紹,是否對於微生物檢測後續的功能性實驗有更明確的方向了呢?

如果有相關廠房環境菌QC、微生物鑑定後的功能性分析,以及保健食品、益生菌、發酵廠等菌種QC的需求,都歡迎來電和我們洽詢 (02)23519800,我們會有專人和您一同討論實驗設計,並提供最新、最適合的微生物檢測產品及文獻給您參考喔~

 

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作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員

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