豐技生技's Blog

在先前的” 抵禦外敵的無名英雄-淺談T細胞的發育過程” 以及 “疫苗注射後如何產生抗體? -淺談B細胞的免疫反應” 這兩篇文章中，我們已經了解到，免疫系統之所以可以抵禦外敵，和T細胞以及B細胞的發育過程中所產生的受體多樣性有關。因此，我們可以利用這個特性，來檢測治療前及治療後的免疫細胞庫變化，以便瞭解治療後，是否能產生抵禦病源的免疫細胞，並分析這些免疫細胞的多樣性及增長狀況!

Photo by National Cancer Institute on Unsplash

“ 許多文獻顯示，PCR 設計的許多引物在擴增後，會因放大效率不同，而產生嚴重的細胞庫數量偏差。ArcherDX 利用 AMP 以及分子條碼技術，搭配後端生資分析，可以有效消除 PCR bias，進而更真實的呈現免疫細胞庫多樣性” - Jason Myers, Ph.D., CEO of ArcherDX

備註: ArcherDX is now part of Invitae. Invitae supports ArcherDX's mission to expand access to precision oncology testing products. The proprietary Anchored Multiplex PCR (AMP™) chemistry remains at the core of Invitae's platform to enhance your lab’s capabilities with next generation sequencing. With highly sensitive and specific variant detection and fully customizable panels, Invitae is your premier partner for comprehensive genomic profiling for driving discovery in cancer research.

ArcherDX 的 Immunoverse產品可以精確檢出稀有細胞庫

Archer® Immunoverse™ 是利用RNA次世代定序的技術來檢測人類的免疫功能，使用獨家專利的錨定多重PCR（AMP™）技術，進行細胞庫鑑定並分析各細胞種類所佔之比率。且搭配分子條碼(molecular-barcode, MBC) 以及後續的生資軟體分析，可以校正定序錯誤功能，大幅提升稀有細胞庫的檢出率，並降低傳統PCR產生的bias，可以精準檢測T細胞受體及B細胞受體的多樣性，且具有高實驗再現性。

延伸閱讀: 關於AMP技術，可以閱讀” ArcherDX-伴隨式癌症NGS檢測新利器”這篇文章，有更深入的原理介紹

人性化且豐富的自動化生資分析

Immunoverse建庫後，會以Illumina系統進行定序，產出的raw data 匯入 Archer Analysis 軟體後，就會進行免疫細胞庫的生資統計 ( Immune Repertoire pipeline )，並自動化呈現所有檢測到的細胞庫分型 ( isotype and subclass ) 以及細胞型別出現頻率，這些型別鑑定資料包括了體細胞高度突變區域 ( somatic hypermutation )。
Immunoverse 依照分析不同的免疫細胞庫類型，而有兩種試劑套組，分別為TCR panel 及 BCR panel。

TCR panel

Immunoverse TCR試劑可以擴增T細胞受體的β/γ或α/δ鏈，進而分析T細胞庫的組成及多樣性。利用專一性設計在CDR3序列末端100 bp以內的引物，使腫瘤浸潤淋巴細胞（TIL）患者的FFPE樣本可以精準的檢出β/γ鏈並加以分析。且樣本input量十分彈性，可接受25ng ~ 2μg RNA總量的檢體。

BCR panel

BCR試劑套組可以檢出IGHV突變狀態，這些資料對於研究慢性淋巴細胞性白血病 (chronic lymphocytic leukemia)非常重要。Immunoverse BCR檢測試劑盒包含8個反應數，可用於分析IGH、IGK以及IGL。凍乾試劑的設計可以大幅降低人文操作錯誤、減少污染以及人工操作時間。且適用PBMC、FFPE或新鮮冷凍組織的樣本，最少只需 25ng RNA input量即可進行RNA建庫分析。

Immunoverse在臨床研究的應用

Immunoverse可用於實體瘤和血液腫瘤，包括癌症預後分析和細胞庫分析。 也可用於分析轉移的癌症，並比較腫瘤組織以及血液中的循環腫瘤中T細胞受體的多樣性。 免疫細胞的多樣性分析可以讓我們瞭解T細胞是否產生了可以辨識癌細胞抗原的受體。也可以測量B細胞受體的多樣性，並找出異常大量擴增的血癌細胞庫。

Immunoverse產品特色:

• 剔除PCR bias，提供最真實的細胞庫多樣性
• AMP及生資分析技術降低定序錯誤率，檢出稀有細胞庫
• 彈性的RNA input量，可接受25ng~2 μg的樣本量，適用PBMC、FFPE或新鮮冷凍組織樣本
• 多重應用價值，可用於追蹤疾病預後、免疫細胞庫分析、免疫療法藥物開發…等等。

我們後續將繼續介紹在癌症領域中，微量殘留疾病(MRD)的各種檢測技術，並比較各個檢測技術的優勢及缺陷。

ArcherDX 的 LiquidPlex 以及 Immunoverse 產品都可以針對MRD 項目進行檢測，這兩種方法到底各自檢測了什麼分子標記? 這些技術有何差異呢? 歡迎持續鎖定豐技部落格，精彩內容千萬別錯過囉!

作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員

.............................................................

喜歡我們的文章分享嗎? 歡迎追蹤豐技生技的粉絲專頁，我們會不定時發佈最新Webinar訊息，並分享部落格文章，為您提供最新的生技檢測相關資訊!

.............................................................

延伸閱讀:

1. 抵禦外敵的無名英雄-淺談T細胞的發育過程

2. 疫苗注射後如何產生抗體? 淺談B細胞的免疫反應