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研究發現，約每200例樣本就有一例有交叉汙染、或樣本標示錯誤的情況。
有時並非實驗室品管流程發生問題，而是這些錯誤可能發生在實驗室之外，例如樣本外送至其他單位時、樣本運輸過程發生汙染、或是樣本採集錯誤……等狀況。

這些錯誤的結果可能導致兩種悲劇；
一、若後續發現實驗沒有再現性，則會浪費許多寶貴的時間與成本在找實驗問題。

二、若樣本品質問題沒有被糾正，則可能會導致錯誤的實驗結果與結論，進而影響到實驗室的聲譽。

此外，大約有22.5% 的樣本會因為DNA品質不良而導致後續實驗失敗。如果定序前只用傳統吸光值測定DNA濃度，將無法檢測出DNA碎裂化的樣本，而使實驗失敗、甚至有定序資料錯誤的風險。

有沒有什麼QC產品可以避免上述情況發生呢?

答案是有的! 

Agena 公司的MassARRAY分析系統，針對不同樣本分析需求，設計了三合一QC檢測；

• 樣本鑑定功能
  幫助您了解樣本是否正確，以及是否受到交叉汙染
• 核酸定量
  了解DNA濃度是否足以進行後端實驗分析
• 核酸序列完整性
  了解DNA樣本的序列完整性，確認是否適合進行後端實驗分析

三合一QC檢測可以幫助研究員以少量的DNA進行最完整的定序前品質管控，分析方法具有高通量、高效率的特點，且能減少樣本耗損率及後續實驗失敗率!

相關產品包括Sample ID、Exome QC、Liquid IQ、Chimeric ID，客戶可以根據不同需求選購不同套組。

Sample ID
適合biobank客戶，可以為每支樣本建立獨一無二的build-in barcode，並同時測量DNA的短片段拷貝數。精選 44個位於intron及exon區域的高變異度 SNPs，以及3個性別位點。

Exome QC
針對Exome sequencing樣本設計的品管試劑套組，和sample ID一樣，具有樣本鑑定、品質分析、定量分析的功能。此外，可分析序列片段100, 200, 300, 400 及 500 的DNA拷貝數，精確判斷樣本DNA的完整性。精選 21個位於exon區域的高變異度 SNPs，以及3個性別位點。

Liquid IQ
針對Liquid Biopsy樣本設計的品管試劑套組，具有cfDNA樣本鑑定、品質分析、定量分析的功能。可以偵測樣本中是否帶有細胞壞死釋出的長片段DNA以及cfDNA萃取後殘留的PCR抑制物。並測量cfDNA的拷貝數，估算樣本中白血球DNA污染的程度。精選21個SNPs位點，方便比對liquid biopsy及組織樣本的序列資料，避免分析或資料配對錯誤。

Chimeric ID
針對核酸混和物、樣本汙染、區分母體及胎兒DNA，或是監測器官移植成功率等目的進行的SNP分析(取代STR分析)。在主要的6個HapMap族群資料庫中，精選92個次等位基因頻率(minor allele frequency, MAF)高，且沒有連鎖不平衡(linkage disequilibrium)的SNPs，可以有效分析最低2%的樣本混和比例。

看完一系列介紹，各位是否已經找到合適的核酸QC方法了呢?

歡迎到本公司官網下載更多產品資訊!
若對上述產品有興趣或有任何疑問，歡迎來電: (02) 2351-9800

歡迎閱讀其他核酸品管文章:

1. 核酸品質-決定基因檢測的可信度及資料豐度!
2. 如何評估DNA樣本的品質?-核酸定量檢測
3. 如何評估DNA樣本的完整性?-核酸定性檢測

歡迎收看集結上述三篇品管文的精華懶人包:

參考資料:
1. Marberger M, McConnell JD, Fowler I, et al. Biopsy Misidentifcation Identifed by DNA Profling in a Large Multicenter Trial. Journal of Clinical Oncology. 2011;29(13):1744-1749. doi:10.1200/JCO.2010.32.1646.
2. Hussam Al-Kateb et al. Identifcation of major factors associated with failed clinical molecular oncology testing performed by next generation sequencing (NGS). Molecular Oncology, 9 (2015) 1737-1743.
3. Bettegowda, Chetan et al. “Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies.” Science translational medicine vol. 6,224 (2014): 224ra24. doi:10.1126/scitranslmed.3007094
4. Sidstedt, Maja, et al. "Humic substances cause fluorescence inhibition in real-time polymerase chain reaction." Analytical biochemistry 487 (2015): 30-37.

作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員