●基因檢測● 如何評估DNA樣本的完整性?-核酸定性檢測－豐技生技's Blog

在上一篇文章" 如何評估DNA樣本的品質?-核酸定量檢測 "中，我們了解了如何進行核酸定量、並測量核酸中是否有其他雜質。但核酸的品管除了測量濃度、了解核酸產物有沒有蛋白質汙染外，還需要了解DNA的序列完整性以及樣本是否受到交叉汙染。
這類定性品管檢測主要有：膠體電泳分析、QPCR產物分析、毛細管電泳、雜交反應、SNP分析。

接下來就來介紹這些定性檢測的重要性吧!

核酸的定性方法:

一、 膠體電泳分析（Gel Electrophoresis Analysis）:

利用DNA骨架帶負電的特性，將DNA樣本，或透過放大不同片段大小的PCR產物加至膠體中，並置於TAE 緩衝液，提供一個正電與負電的電極，使DNA游向正電。藉由小分子DNA移動速度較快的原理，可偵測樣本的分子大小，也可利用Marker粗略的計算DNA濃度(但誤差極大，僅具參考用途)。透過此項檢測可以得知 DNA 是否保持完整、或是有被分解的現象。

核酸定性+定量方法:

一、 QPCR產物分析：

核酸樣本會隨著保存時間增長而被環境中的DNA水解酶分解，或是因重複解凍、石蠟包埋樣本中的福馬林破壞而使DNA碎裂化。因此若進行不同qPCR產物的濃度比值(如：Alu247/Alu115比值、Q Score等)，可以幫助研究員判斷樣本DNA的完整性，且可根據試驗cycle數得到定量結果。

二、 毛細管電泳：
相關產品包括：Bioanalyzer 、TapeStation…等。
DNA樣本透過毛細管電泳檢測，並以套裝軟體計算所得到的DIN值(DNA Integrity Number)，主要是用來評估DNA的完整性，此方法也具有定量的功能。

判別核酸樣本是否受到其他樣本交叉汙染 :
上述方法都無法確認樣本是否因為分裝、標示錯誤等人為疏忽導致樣本交叉汙染。接下來為各位介紹的是：哪些方法可以用來鑑別核酸樣本資料的正確性。

一、膜雜交反應與體外探針標記雜交反應（hybridization）:可用來鑑別個體核酸與預測物種間相似度。利用探針標記進行雜交反應提供了一個可觀察特定基因體中基因排列組成之方法。包括圓點與狹縫墨點法、北方墨點法、南方墨點法、原位雜交反應及螢光原位雜交反應（fluorescent in situ hybridization, FISH）。這些技術都仰賴核酸探針，此探針是指以放射性、螢光、冷光、化學標籤或酵素（報導分子）等標記之具特定DNA或RNA序列之寡核苷酸。藉雜交探針結合至標的核酸之互補序列，可觀察與鑑別標的物。

二、單核苷酸多態性 （single nucleotide polymorphism, SNP）分析：
相關產品包括：Fluidim Advanta Sample ID及Ion AmpliSeq™ Sample ID…等。
利用不同樣本間單核苷酸多態性的差異，設計樣本識別的檢測，可以幫助了解樣本是否遭受汙染或標示錯誤。