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目前有越來越多藥廠針對癌症基因突變,開發了許多新興標靶治療藥物,但在目前常規的臨床檢測中,其所搭配的分子診斷方法仍然受到許多限制。

 

為了解決這個問題,ArcherDX開發多項NGS臨床使用的診斷試劑,以解決一些癌症療法的檢測侷限性。

 

備註: ArcherDX is now part of Invitae. Invitae supports ArcherDX's mission to expand access to precision oncology testing products. The proprietary Anchored Multiplex PCR (AMP™) chemistry remains at the core of Invitae's platform to enhance your lab’s capabilities with next generation sequencing. With highly sensitive and specific variant detection and fully customizable panels, Invitae is your premier partner for comprehensive genomic profiling for driving discovery in cancer research.

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Archer針對癌症樣品採用先進的基因組分析技術,並具有下列產品優勢:

  • 可精確定量
  • 可檢測未知的fusion突變
  • 高敏感度、低錯誤率
  • 極度簡化的操作步驟
  • 強大的數據資料分析

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目前已有多篇文獻針對ArcherDX技術與其他NGS分析技術進行平行測試。

2020年5月份的Cancer Genetics 有一篇"Comparison of four next generation sequencing platforms for fusion detection "文獻,比較了 Oncomine (ThermoFisher) 、AmpliSeq ( illumina) 、FusionPlex (ArcherDX) 、QIAseq (QIAGEN).這四個市面上常見的NGS技術分析基因融合突變的效果,並對已知的基因融合突變、未知的基因斷點突變、未知 partner gene fusion突變樣本進行分析,並評比各個系統的檢出率。

未知基因斷點的分析中,只有Oncomine (ThermoFisher) 和 FusionPlex (ArcherDX)這兩個NGS系統有檢出 TMPRSS2-ETV4的基因融合突變。而未知partner gene fusion突變樣本中,ArcherDX 的 FusionPlex 技術可檢出最多種類的 ETV1 fusions 。此外,ArcherDX 的 FusionPlex 技術還新發現了兩種基因融合突變 ( SNRPN-ETV1 以及 MALAT1-ETV1) 。 最後研究團隊選擇Oncomine (ThermoFisher) 和 FusionPlex (ArcherDX)這兩個系統作為 inhouse 臨床突變驗證分析系統。

 

 

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為什麼ArcherDX 可以檢出未知的 gene fusion 突變呢?

這是因為 ArcherDX 獨家專利的Anchored Multiplex PCR(AMP™)化學技術:
將樣本DNA片段化後,於實驗初始以 ligation接合 (而非PCR放大) 的方式,將molecular barcode與universal primer site一併接在碎裂化的DNA片段上,大幅降低PCR放大所產生的bias,達成精確定量的效果。
接著在想看的Kinase側設計兩條PCR primer序列 (GSP1 與 GSP2),另一側則利用universal primer site 進行nested PCR,增加專一性的同時,也能釣出另一端 (universal primer端) 未知的基因融合(gene fusion)序列,進而可以發現更多未發表過的gene fusion突變。可以作為伴隨性診斷(CDx)檢測基因融合突變的一大福音! 

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在過去舊有的技術中,NTRK基因融合突變很難在癌症中檢測到。 ArcherDX的NGS技術,利用RNA進行靈敏的NTRK檢測,只需標的NTRK基因即可釣出多種未知、未發表過的gene fusion突變。

 

“ArcherDX的目標是開發產品,以幫助臨床醫生在正確的時間接收正確的信息,從而做出正確的治療決策。”- ArcherDX 創辦人 Jason Myers博士

 

ArcherDX 目前已與許多臨床單位合作 (如,知名的  Memorial Sloan Kettering Cancer Center ,其所發展的 MSK-IMPACT 技術),且也與藥廠合作進行臨床試驗,利用精確、全面性的NGS突變定序分析,檢出更多適合不同臨床用藥的患者。

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ArcherDX是一家領先的基因組分析公司,目前正在開發個人化癌症監測(PCM)的IVD產品,並榮獲美國FDA”突破性設備設計”( breakthrough device designation for its next-generation sequencing device) 獎項的肯定。透過一套高精度、個人化、操作便利且易於在實驗室建構的產品和服務,使腫瘤個人化醫療能擴大至各個大大小小的醫療院所。

 

目前 ArcherDX 的 RUO產品組合包括:

VariantPlex®FusionPlex®LiquidPlex™Immunoverse™

 

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豐技生技公司代理ArcherDX相關產品,若有臨床研究需求,歡迎電洽:
(02)23519800

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歡迎閱讀相關文獻:

 

延伸閱讀:

1. NGS數據提供臨床癌轉移患者更有效的治療決策!


2. ArcherDX液態活檢解決方案: LiquidPlex™ 增加癌症檢測敏感度!

 

作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員

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