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目前有越來越多藥廠針對癌症基因突變,開發了許多新興標靶治療藥物,但在目前常規的臨床檢測中,其所搭配的分子診斷方法仍然受到許多限制。

 

為了解決這個問題,ArcherDX開發多項NGS臨床使用的診斷試劑,以解決一些癌症療法的檢測侷限性。

Archer針對癌症樣品採用先進的基因組分析技術,並具有下列產品優勢:

  • 可精確定量
  • 可檢測未知的fusion突變
  • 高敏感度、低錯誤率
  • 極度簡化的操作步驟
  • 強大的數據資料分析

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目前已有多篇文獻針對ArcherDX技術與其他NGS分析技術進行平行測試。

2020年5月份的Cancer Genetics 有一篇"Comparison of four next generation sequencing platforms for fusion detection "文獻,比較了 Oncomine (ThermoFisher) 、AmpliSeq ( illumina) 、FusionPlex (ArcherDX) 、QIAseq (QIAGEN).這四個市面上常見的NGS技術分析基因融合突變的效果,並對已知的基因融合突變、未知的基因斷點突變、未知 partner gene fusion突變樣本進行分析,並評比各個系統的檢出率。

未知基因斷點的分析中,只有Oncomine (ThermoFisher) 和 FusionPlex (ArcherDX)這兩個NGS系統有檢出 TMPRSS2-ETV4的基因融合突變。而未知partner gene fusion突變樣本中,ArcherDX 的 FusionPlex 技術可檢出最多種類的 ETV1 fusions 。此外,ArcherDX 的 FusionPlex 技術還新發現了兩種基因融合突變 ( SNRPN-ETV1 以及 MALAT1-ETV1) 。 最後研究團隊選擇Oncomine (ThermoFisher) 和 FusionPlex (ArcherDX)這兩個系統作為 inhouse 臨床突變驗證分析系統。

 

 

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為什麼ArcherDX 可以檢出未知的 gene fusion 突變呢?

這是因為 ArcherDX 獨家專利的Anchored Multiplex PCR(AMP™)化學技術:
將樣本DNA片段化後,於實驗初始以 ligation接合 (而非PCR放大) 的方式,將molecular barcode與universal primer site一併接在碎裂化的DNA片段上,大幅降低PCR放大所產生的bias,達成精確定量的效果。
接著在想看的Kinase側設計兩條PCR primer序列 (GSP1 與 GSP2),另一側則利用universal primer site 進行nested PCR,增加專一性的同時,也能釣出另一端 (universal primer端) 未知的基因融合(gene fusion)序列,進而可以發現更多未發表過的gene fusion突變。可以作為伴隨性診斷(CDx)檢測基因融合突變的一大福音! 

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在過去舊有的技術中,NTRK基因融合突變很難在癌症中檢測到。 ArcherDX的NGS技術,利用RNA進行靈敏的NTRK檢測,只需標的NTRK基因即可釣出多種未知、未發表過的gene fusion突變。

 

“ArcherDX的目標是開發產品,以幫助臨床醫生在正確的時間接收正確的信息,從而做出正確的治療決策。”- ArcherDX 創辦人 Jason Myers博士

 

ArcherDX 目前已與許多臨床單位合作 (如,知名的  Memorial Sloan Kettering Cancer Center ,其所發展的 MSK-IMPACT 技術),且也與藥廠合作進行臨床試驗,利用精確、全面性的NGS突變定序分析,檢出更多適合不同臨床用藥的患者。

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ArcherDX是一家領先的基因組分析公司,目前正在開發個人化癌症監測(PCM)的IVD產品,並榮獲美國FDA”突破性設備設計”( breakthrough device designation for its next-generation sequencing device) 獎項的肯定。透過一套高精度、個人化、操作便利且易於在實驗室建構的產品和服務,使腫瘤個人化醫療能擴大至各個大大小小的醫療院所。

 

目前 ArcherDX 的 RUO產品組合包括:

VariantPlex®FusionPlex®LiquidPlex™Immunoverse™

 

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歡迎閱讀相關文獻:

 

延伸閱讀:

1. NGS數據提供臨床癌轉移患者更有效的治療決策!


2. ArcherDX液態活檢解決方案: LiquidPlex™ 增加癌症檢測敏感度!

 

作者: 林宇馨 / 豐技生技產品專員

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